Kada je datoteka fragmentirana, to znači da njezini dijelovi nisu pohranjeni na tvrdom disku kontinuirano, jedan iza drugog, već su razbacani po tvrdom disku. To negativno utječe na performanse jer kada Windows pokušava koristiti neku datoteku, njezini dijelovi se moraju tražiti po cijelom disku. Prostor na tvrdom disku podijeljen je na sektore i oni iznose otprilike 512 bajtova podataka. Međutim, ova veličina podataka je nepraktična na tvrdim diskovima pa se sektori grupiraju u clustere (grozdove). Veličina clustera zavisi od veličine tvrdog diska i datotečnog sistema. Npr. za tvrde diskove kapaciteta od 2 GB (gigabajta) do 2 TB (terabajta), sa NTFS datotečnim sistemom, veličina jednog clustera iznosi 4 KB.
Defragmentiranje diska
Fragmentaciju ćete najbolje shvatiti na primjeru tri datoteke – PRVA.TXT, DRUGA.TXT i TREĆA.TXT, čija veličina redom iznosi 16 KB, 12 KB i 20 KB, koje su na tvrdom disku pohranjene jedna iza druge. S obzirom da se datoteke pohranjuju uclustere veličine 4 KB, to znači da će datoteke redom zauzimati 4, 3 i 5 clustera.
Obrišemo li datoteku DRUGA.TXT, Windows dobija informaciju da je prostor gdje se datoteka nalazila sada slobodan i spreman za upotrebu. Ali mi sada želimo pohraniti četvrtu datoteku ČETVRTA.TXT, čija je veličina 20 KB ili 5 clustera. Prva tri clusteradatoteke ČETVRTA.TXT će se pohraniti na mjesto gdje se nalazila datoteka DRUGA.TXT, a preostala dva clustera na slijedećem slobodnom prostoru što je u našem slučaju iza datoteke TREĆA.TXT. U ovom slučaju datoteka ČETVRTA.TXT je fragmentirana (eng. fragment – dio nečega) i situacija će izgledati kao na slici.
Korisno je da Disk Defragmenter pokrenete barem jednom u dva mjeseca. Ako često brišete i pohranjujete velike datoteke, poput filmova, onda je korisno da Disk Defragmenter pokrenete svakih 20 do 30 dana.